Hai bị can đều bị khởi tố để điều tra về tội “Vi phạm quy định về bồi thường, hỗ trợ, tái định cư khi Nhà nước thu hồi đất” theo Điều 230 Bộ luật hình sự 2015.
Trước đó, ngày 2/10/2017, Cơ quan CSĐT ra quyết định khởi tố vụ án “Làm giả tài liệu của cơ quan tổ chức”, theo Điều 267 Bộ luật Hình sự năm 1999; tạm giữ Nguyễn Khánh Hùng, tiến hành khám xét chỗ ở của nghi can. Qua khám xét đã thu: 148 sổ đăng kí tạm trú màu vàng; hàng trăm phiếu thu tiền các loại quỹ: An ninh quốc phòng, Vì trẻ thơ, Lao động công ích, Đền ơn đáp nghĩa và cả phiếu thu tiền phòng, chống thiên tai… Các giấy tờ, tài liệu này đã được đóng dấu, kí tên người có thẩm quyền nhưng phần nội dung bỏ trống.
Cơ quan điều tra xác định con dấu và chữ kí được đối tượng Hùng làm giả bằng phương pháp in phun màu. Ngày 8/10/2017, Cơ quan CSĐT ban hành quyết định khởi tố bị can và lệnh bắt tạm giam đối tượng Nguyễn Khánh Hùng.
Mở rộng điều tra, Cơ quan điều tra phát hiện trong quá trình làm hồ sơ giả để chạy đất dự án, một số đối tượng trong Tổ công tác giúp việc Hội đồng Bồi thường, hỗ trợ và tái định cư (BT, HT&TĐC) TP. Nha Trang trong Dự án Khu đô thị (KĐT) Hoàng Long (do Công ty TNHH MTV Đầu tư xây dựng và địa chất U.P.G.C làm chủ đầu tư) đã sử dụng các giấy tờ tài liệu giả này làm hàng chục hồ sơ nhà đất giả, bán cho các đối tượng để được hưởng chế độ bồi thường, hỗ trợ tái định cư.
Ngày 21/12/2017, Cơ quan CSĐT ban hành Quyết định khởi tố vụ án “Giả mạo trong công tác” theo Điều 284 Bộ luật Hình sự năm 1999, khởi tố bắt tạm giam 2 bị can là Đỗ Thế Vinh, trú Phước Long, Nha Trang; Nguyễn Ngọc Khánh, trú phường Vĩnh Hòa, Nha Trang, là nhân viên của Công ty TNHH MTV Đầu tư xây dựng và Địa chất U.P.G.C.
Sau khi vụ án được khởi tố, UBND TP. Nha Trang đã ban hành các văn bản hủy 49 quyết định cấp đất TĐC của các đối tượng sử dụng hồ sơ giả.
Trong vụ việc này, vai trò của cán bộ địa chính và lãnh đạo phường Phước Long là ký xác nhận, hợp thức các hồ sơ giả để các hồ sơ này đủ điều kiện được bồi thường, hỗ trợ, TĐC, trên cơ sở thủ tục thẩm tra, xác minh, xác nhận nguồn gốc đất của cán bộ địa chính phường và xét duyệt thông qua của Chủ tịch UBND phường, đồng thời là Chủ tịch Hội đồng BT,HT&TĐC cơ sở.