Từ năm 2016, nhiều văn bản của các cơ quan bộ ngành đã trả lời về trường hợp Công ty TNHH Xây dựng 88 Cam Lâm (viết tắt là Công ty Cam Lâm) có thuộc trường hợp chịu thuế thu nhập doanh nghiệp hay không. Tuy nhiên, những quy định không rõ ràng dẫn đến những cách hiểu khác nhau, khiến cơ quan thuế loay hoay trong việc xử lý dứt điểm, còn doanh nghiệp phải đáo tụng đình nhiều năm.
Vụ kiện khởi nguồn từ việc ngày 22/6/2016, Chi cục Thuế tỉnh Khánh Hòa ban hành Quyết định số 228/QĐ-CCT xử phạt vi phạm về thuế đối với Công ty Cam Lâm số tiền 1,14 tỷ đồng; tiền phạt 20% số tiền thuế kê khai sai là 224,8 triệu đồng và số tiền chậm nộp tiền thuế là 61 triệu đồng. Doanh nghiệp liên tục khiếu nại về quyết định trên nhưng Chi cục Thuế giữ nguyên quyết định xử phạt.
Chi cục Thuế tỉnh Khánh Hòa xác định, theo Luật Khoáng sản năm 2010, Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2013, Công văn số 663/TCT-CS ngày 1/3/2017 của Tổng cục Thuế, Quyết định số 10/2007/QĐ-BKH ngày 10/4/2007 của Bộ Kế hoạch Đầu tư thì hoạt động của Công ty thuộc hoạt động khai thác khoáng sản nên không đủ điều kiện được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp.
Tại Khoản 12, Điều 1, Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 32/2013/QH13 ngày 19/6/2013 hướng dẫn về thuế thu nhập doanh nghiệp sửa đổi, bổ sung Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12 ngày 3/6/2008 quy định thu nhập từ hoạt động khai thác khoáng sản không được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp.
Tuy nhiên, kết quả xác minh cho thấy, Công ty Cam Lâm được thành lập năm 2014, với ngành nghề chính là sản xuất đá làm vật liệu xây dựng. Năm 2014, Công ty ký kết hợp đồng với Công ty cổ phần Khoáng sản và xây dựng Vạn Phúc cung cấp đá phôi nguyên liệu. Công ty Vạn Phúc có giấy phép khai thác khoáng sản tại mỏ đá Hòn Nhọn, huyện Cam Lâm, tỉnh Khánh Hòa. Theo thỏa thuận, Công ty Cam Lâm sản xuất đá các loại từ nguồn nguyên liệu trên.
Trước năm 2014, Công ty Vạn Phúc rất khó khăn về mặt tài chính do không tiêu thụ được đá khai thác chế biến, phải ngưng hoạt động, nợ ngân hàng... Nhưng từ khi ký hợp đồng với Công ty Cam Lâm thì toàn bộ tài chính đều được Công ty Cam Lâm ứng trước tiền (trừ vào tiền đá vôi) để trả nợ ngân hàng. Đồng thời, hai bên thỏa thuận Công ty Cam Lâm nộp thuế thay cho Công ty Vạn Phúc. Đặc biệt, Công ty Vạn Phúc cho Công ty Cam Lâm thuê lại một phần diện tích nằm trong dự án khai thác mỏ để sản xuất.
Trước tình trạng trên, Chi cục Thuế tỉnh Khánh Hòa cho rằng, Công ty Cam Lâm bao tiêu toàn bộ đá phôi khai thác của Công ty Vạn Phúc. Công ty Vạn Phúc chỉ hoạt động theo danh nghĩa vì không đủ năng lực về mọi mặt như tài chính, tài sản thiết bị, nhân lực, hoàn toàn bị chi phối bởi Công ty Cam Lâm. Cơ quan thuế căn cứ Quyết định số 10/2007/QĐ-BKH ngày 10/4/2007 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư cho rằng, hoạt động của Công ty Cam Lâm được xếp vào quy định 08101 khai thác đá.
Tuy nhiên, Bộ Tài nguyên và Môi trường có Công văn số 203/ĐCKS-KTĐCKS ngày 7/2/2017 trả lời Tổng cục Thuế về hoạt động khoáng sản. Theo đó, tại khoản 7, Điều 2 Luật Khoáng sản 2010 thì khai thác khoáng sản là hoạt động nhằm thu hồi khoáng sản gồm xây dựng cơ bản mỏ, khai đào, phân loại, làm giàu và các hoạt động khác có liên quan. Nếu có hoạt động phân loại, làm giàu thì hoạt động này phải là công đoạn thực hiện ngay sau quá trình khai đào, để tạo ra sản phẩm đáp ứng yêu cầu của bên mua.
Trường hợp sản phẩm khai đào đã được đem bán cho bên mua để chế biến như mô tả tại Công văn số 5523/TCT-CS ngày 29/11/2016 của Tổng cục Thuế thì không phải hoạt động khai thác khoáng sản.
Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Khánh Hòa cũng có ý kiến, hoạt động chế biến của Công ty Vạn Phúc không phải là hoạt động khai thác khoáng sản. Công văn số 1214/TCTK-PPCĐ ngày 22/12/2016 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư xác định, nếu Công ty Cam Lâm đập, chẻ đá tại mỏ cùng với dây chuyền sản xuất của Công ty Vạn Phúc thì hoạt động của doanh nghiệp là khai thác đá.
Tương tự, Công văn số 663/TCT-CS ngày 1/3/2017 của Tổng cục Thuế đã nêu, nếu Công ty Cam Lâm bao tiêu toàn bộ đá phôi khai thác được của Công ty Vạn Phúc và thực hiện toàn bộ hoạt động như quy định tại khoản 7 điều 2 Luật Khoáng sản tại mỏ cùng dây chuyền sản xuất của Công ty Vạn Phúc mới được xác định là khai thác khoáng sản. Tuy nhiên, cả 2 công ty trình bày, dây chuyền sản xuất và hoạt động của 2 pháp nhân là độc lập. Giá mua bán đá phôi theo giá trị thị trường, tương ứng với chất lượng đá khai thác.
Với các văn bản trên, cơ quan tố tụng khẳng định, hoạt động của Công ty Cam Lâm không phải là hoạt động khai thác khoáng sản. Công ty là doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư mới trên địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn nên đủ điều kiện được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp. Tòa án hai cấp sơ thẩm và phúc thẩm mới đây đều chấp nhận khởi kiện của Công ty Cam Lâm, hủy quyết định xử phạt của Cục trưởng Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa liên quan đến tính thuế thu nhập doanh nghiệp.
