Tuyến đường sắt Hà Nội - TP. Hồ Chí Minh chạy qua địa bàn thị xã Ninh Hòa có chiều dài 29,68km (từ xã Ninh An đến xã Ninh Ích) có 17 đường ngang hợp pháp. Trong đó: 3 đường ngang có người gác, 11 đường ngang đã được lắp đặt cảnh báo tự động (đã lắp cần chắn tự động tại 4 đường ngang; đường ngang biển báo 2 đường; 1 đường ngang chuyên dùng tại khu vực vào mỏ đá Hòn Giốc Mơ).
Nhằm bảo đảm an toàn giao thông và công tác chạy tàu, năm 2017 và những tháng đầu năm 2018, Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam đã tiến hành đầu tư nâng cấp các đường ngang tại thị xã Ninh Hòa. Cụ thể: đã lắp đặt cần chắn tự động tại các đường ngang km1272 + 580; km1275 + 527; km1276 + 413; km1277 + 225; km1282 + 495. Đồng thời, đơn vị cũng sửa chữa, nâng cấp đường ngang biển báo km1283 + 040 thành đường ngang cảnh báo tự động có cần chắn tự động; sửa chữa mặt đường ngang biển báo km1293 + 770.
Ông Nguyễn Trọng Hiến - Chánh Văn phòng Ban An toàn giao thông tỉnh cho biết, về cơ bản toàn bộ các đường ngang trên địa bàn thị xã Ninh Hòa đã được đầu tư nâng cấp và sửa chữa. Đây cũng là địa phương được tạo điều kiện nhiều để nâng cấp các tuyến đường ngang nhằm bảo đảm an toàn giao thông trên tuyến.
Tuy nhiên, theo báo cáo của Ban An toàn giao thông thị xã Ninh Hòa, tại đường ngang km1293 + 770, trong năm 2017 đã xảy ra 2 vụ tai nạn giao thông làm chết 2 người, bị thương 2 người. Hiện tại, đường ngang này là đường ngang hợp pháp do Công ty Cổ phần Đường sắt Phú Khánh quản lý. Đường ngang qua đường sắt tại lý trình này là tuyến đường giao thông nông thôn xã Ninh Ích đi các thôn: Phú Hữu, Vạn Thuận, Tân Phú và Khu du lịch Ba Hồ, có mật độ người và phương tiện qua lại lớn, đặc biệt là lượng khách du lịch đi vào khu Ba Hồ vui chơi, giải trí vào dịp lễ, Tết... Tại đường ngang này, việc cảnh báo phòng vệ mới chỉ dừng lại ở mức biển báo, chưa thực sự bảo đảm an toàn giao thông. Ngoài ra, thị xã Ninh Hòa cũng kiến nghị xây dựng đường gom bên trái lý trình từ đường dân sinh km1275 + 250 đi về phía nam đến đường ngang cảnh báo tự động tại km1276 + 413 thuộc xã Ninh Đông.
Về việc nâng cấp mức cảnh báo tự động tại đường ngang km1293 + 770, UBND tỉnh đã có văn bản đề nghị Cục Đường sắt Việt Nam xem xét cho nâng cấp đường ngang này từ hình thức phòng vệ bằng biển báo lên hình thức phòng vệ bằng cảnh báo tự động có cần chắn. Tuy nhiên, đến thời điểm này, phía đường sắt vẫn chưa thực hiện. Về việc xây dựng đường gom bên trái lý trình từ đường dân sinh km1275 + 250 đến km1276 + 413 thuộc xã Ninh Đông, đại diện Công ty Cổ phần Đường sắt Phú Khánh cho biết, vị trí xây dựng đường gom này đã có trong kế hoạch triển khai thực hiện Quyết định 994 của Thủ tướng Chính phủ từ năm 2016. Thời gian tới, công ty sẽ nghiên cứu để triển khai thực hiện.
Mới đây, Ban An toàn giao thông tỉnh cũng đã có văn bản gửi Cục Đường sắt Việt Nam sớm bố trí kinh phí để giải quyết những tồn tại nói trên nhằm bảo đảm an toàn giao thông trên tuyến qua địa bàn thị xã Ninh Hòa.